Atualmente o CEG organiza-se em torno de seis Grupos de Investigação:

Para apoio à investigação e ao ensino, o CEG dispõe de importantes de recursos de informação científica, nomeadamente, Biblioteca, Mapoteca e Fototeca, o GEOMODLAB, laboratório de deteção remota, análise e modelação geográfica, e o EARTHLAB. Possui ainda uma linha editorial, em que se destaca a revista Finisterra – Revista Portuguesa de Geografia.