Atualmente o CEG organiza-se em torno de seis Grupos de Investigação:
- Migrações, Espaços e Sociedades (MIGRARE)
- Modelação, Ordenamento e Planeamento Territorial (MOPT)
- Avaliação e Gestão de Perigosidades e Risco Ambiental (RISKam)
- Turismo, Património e Território (TERRITUR)
- Alterações Climáticas e Sistemas Ambientais (ZEPHYRUS)
- Dinâmicas e Políticas Urbanas e Regionais (ZOE)
Para apoio à investigação e ao ensino, o CEG dispõe de importantes de recursos de informação científica, nomeadamente, Biblioteca, Mapoteca e Fototeca. Possui ainda uma linha editorial, em que se destaca a revista Finisterra – Revista Portuguesa de Geografia e o GEOMODLAB, Laboratório de deteção remota, análise e modelação geográfica.