Sob coordenação do Conselho Científico, os Grupos de Investigação desenvolvem a sua atividade no âmbito de três Linhas Temáticas prioritárias:

 

Atualmente o CEG organiza-se em torno de sete Grupos de Investigação:

 

Para apoio à investigação e ao ensino, o CEG dispõe de importantes de recursos de informação científica, nomeadamente, Biblioteca, Mapoteca e Fototeca. Possui ainda uma linha editorial, em que se destaca a revista Finisterra – Revista Portuguesa de Geografia e o GEOMODLAB, Laboratório de deteção remota, análise e modelação geográfica.